Сторонее решения для бекапа под VI3.

Платный софт, есть триал.
Для бекапа много чего, в частности поддерживается резервное копирование ВМ на ESX. Поддерживается любая ОС(сама она в процесс не вовлекается), ВМ может быть включена или выключена. Инкрементальный бекап на уровне файлов или блоков.

Инфа отсюда, сам не пробовал.