thinapp

Есть такая штука - виртуализация приложений.
У VMware есть продукт для этого - ThinApp.
С его помощью можно создать самодостаточный package с приложением.
А вот если перед вами встает задача заменить установленное по старинке приложение приложением, виртуализованным с помощью ThinApp, то это реализуемо.
Иллюстрация того, что имеется в виду на видео - тут.

Инструкция: Using ThinApp MSI's to Replace a Native App.